谜影重重一共12个关卡，每关核心解谜点1到3个不等，全通关大约需要4到6小时。前6关偏重观察细节找线索，后6关机关逻辑变复杂，第9关和第11关各藏1个隐藏房间，需要特定操作才能触发。
第1关密室的保险箱密码是墙上时钟指针的角度换算，短针指向3、长针指向9，对应密码0390。第2关图书馆要按书架上红色书脊的排列顺序拉动拉杆，从左往右是第2、第5、第1根。第3关地下室的石板拼图，中间那块凸起的不动，把四周8块按顺时针旋转一圈就能对上壁画纹路。
第4关开始难度上台阶。走廊尽头的六芒星地板，要按火、水、风、土、光、暗的元素顺序踩亮六个角，顺序错了会重置，光和暗的符号在天花板的浮雕上能看到对应图案。第5关钟楼机关需要同时拨动三根齿轮，单人玩要先用木箱卡住右边两根，再去转左边那根，齿轮咬合后铁门才会升起来。第6关实验室的试管配色，按烧杯里沉淀物的颜色倒序倒进去，蓝-绿-红这个顺序是固定的。
第7关到第9关是全游戏最容易卡关的三连。第7关镜厅里的镜子反射路线，要让光束依次经过左墙第二面镜子、天花板的棱镜、右墙第四面镜子，最后照到祭坛上的水晶球。第8关的音符解谜，墙上乐谱对应的键盘按键是D-F-A-C-E，按错一个音就得重来。第9关图书馆二层藏了隐藏房间，在北侧书架把《暗影编年史》和《遗失之章》两本书同时往外拉，密室门会从书架后面滑开，里面能拿到黄金钥匙和一页日记碎片。
后期关卡的机关组合
第10关庭院的石像阵，要按生肖顺序推动12座石像转向中央喷泉，鼠像在东北角、牛像在正北，推错位置石像会回到初始朝向。第11关地窖有第二个隐藏要素，在酒桶区域用火把点燃墙角三盏油灯后，地面会出现暗门，下去能捡到一把生锈的短剑和成就”酒窖密探”。第12关最终boss房，需要先破坏四根锁链上的能量核心才能打本体，核心血量不高但有护盾，要用场景里的圣水罐砸掉护盾再攻击。
全12关收集要素包括15页日记碎片、8个隐藏符文、2把特殊钥匙。日记碎片集齐能解锁真结局，符文用来开启第13关隐藏关卡”永夜回廊”，两把钥匙分别在第9关密室和第11关地窖。第13关没有固定解法，每次进入地图布局会随机变化，通关后能拿全成就。