伊森的手在游戏第一个小时就被电锯砍掉了，浇点药水又接回来，当时我就觉得不对劲，正常人早休克了。后来通关才知道伊森在序章进贝克家宅之前就已经死过一次，被杰克一铲子拍死在地下室，身体早就被菌株改造成菌人了，只是他自己不知道。
整个事件的源头是2014年，贝克夫妇救了一艘搁浅货轮上的小女孩伊芙琳，这孩子是生化武器公司The Connections造出来的E型菌株实验体，能通过孢子感染并精神控制别人。贝克一家全被感染，伊芙琳把他们当家人控制了三年，期间失踪人口报告堆了一摞，全是被抓进来喂给贝克家族当怪物养料的路人。
2017年10月伊森收到失踪三年的妻子米娅发来的求救视频，开车去路易斯安那找人，在废弃的贝克农场地下室见到米娅。米娅状态时好时坏，清醒时让伊森快跑，发病时拿刀捅他，最后一刀直接捅穿了伊森的心脏。伊森倒地后杰克·贝克出现，把”尸体”拖走，浇了一瓶含E型菌株的黏液，伊森就这么复活了，但意识没被控制住，可能是菌株浓度不够或者他体质特殊。
很多人以为伊森全程都知道自己死过，其实他到RE8快结局时才意识到。7代整个流程里他断手断脚都能接，被铁钉穿手掌拔出来继续干，全靠菌株在修复，但他自己一直当成是那瓶贝克家的急救喷雾药效好。
米娅的真实身份是The Connections派去监护伊芙琳的保姆特工，2014年那次货轮事故就是伊芙琳发病暴走导致的，米娅被感染后一直在伊芙琳控制下生活。她给伊森发求救视频是短暂清醒时的最后挣扎，但视频里没说自己的真实工作，伊森通关前都以为老婆只是个失踪的普通人。
卢卡斯·贝克是个特例，贝克家三口人里只有他没被完全控制。The Connections在感染早期给他注射过血清，他恢复了部分自我意识，但选择继续装疯配合伊芙琳，同时偷偷给The Connections传数据赚钱，DLC里能看到他真实的变态本性，那些机关陷阱都是他自己设计的，和菌株控制无关。
时间线上有个容易搞混的点：伊森2017年10月去贝克农场，伊芙琳感染贝克家是2014年，中间三年贝克家一直在伊芙琳控制下抓人做实验。游戏里那些散落的文件记录的都是这三年间的事，日期从2015到2017都有，不是同一天发生的。佐伊写的那些求救纸条时间跨度有两年多，每次清醒都写一张藏起来，你在各个房间捡到的纸条其实是她两年来的挣扎痕迹。
最后伊森打败伊芙琳靠的是BSAA空投的毒素枪，那玩意是专门针对E型菌株开发的。伊芙琳本体其实已经快速衰老成老太婆了，E型菌株有缺陷，宿主会加速老化，她撑不了几年。游戏里那个小女孩形象是她用精神控制投射出来的幻觉，只有被感染的人能看见。
结局伊森救出米娅，直升机来接人，克里斯·雷德菲尔德出现清理残局。这时候伊森和米娅都还不知道自己身体里有菌株，RE8开头才揭露米娅其实一直瞒着伊森，她知道自己被改造过，也猜到伊森可能也中招了，但两人都选择装作普通人过日子，直到罗丝出生，菌株遗传给了女儿，事情才彻底藏不住。